以鱈魚皮為例，用于制備膠原蛋白肽的酶制劑有很多，但是不同來源的蛋白酶，切位點不同，得到的酶解效果也是不一樣的。因為影響酶酶解效果的因素有：酶的種類、酶活性、加酶量、酶解溫度、酶解時間、pH值及料水比等。因此，在實際操作過程中，需要根據(jù)不同的材料選擇合適的酶類型和酶解時間，以保證原材料可以達到較高的酶解水平。

魚皮水解制備膠原蛋白肽常用的酶制劑有木瓜蛋白酶、堿性蛋白酶、中性蛋白酶、胰酶。木瓜蛋白酶含有212氨基酸的單一多肽，分子量為23KDa，是一種半胱氨酸蛋白酶內(nèi)切水解酶，多用于嫩肉粉、酵母抽提物、動植物多肽、咸味香精生產(chǎn)；堿性蛋白酶分子量約為27300，是絲氨酸型的內(nèi)切蛋白酶，多用于咸味香精、動植物多肽、酵母抽提物生產(chǎn)。中性蛋白酶多用于動植物多肽、皮革加工軟化脫毛，烘焙降低面團筋度、醫(yī)藥生產(chǎn)；胰酶多用于動物蛋白水解生產(chǎn)高級調(diào)味品及食品強化劑。

經(jīng)實驗研究得出，木瓜蛋白酶、堿性蛋白酶是制備膠原蛋白肽使用最廣泛的酶制劑，不同來源的蛋白酶，切位位點不一樣，得出的酶解效果也不一樣得到的多肽、小肽、游離氨基酸等組合不同，造成酶解后的口感和功效的差異。